Analyzing GENIE Genomic Data with {genieBPC} and {gnomeR}

Processing Data

{genieBPC} + {gnomeR} Pipeline

Case Study

Data Descriptives

ca_hist_adeno_squamous Total
Adenocarcinoma Carcinoma Other histologies/mixed tumor Small cell carcinoma Squamous cell Unknown
institution
    DFCI 399 91 7 3 73 126 699
    MSK 629 111 13 1 81 54 889
    UHN 0 0 0 0 0 55 55
    VICC 139 40 2 1 17 27 226
Total 1,167 242 22 5 171 262 1,869
stage_dx Total
Stage I Stage I-III NOS Stage II Stage III Stage IV Unknown
institution
    DFCI 210 11 57 138 283 0 699
    MSK 276 1 95 157 358 2 889
    UHN 13 0 7 16 19 0 55
    VICC 20 0 19 49 137 1 226
Total 519 12 178 360 797 3 1,869

:::

Processing Data: Issues To Address

  1. Multiple Samples Per Patient
  • if there isn’t there and selection of anything they have
  1. Cohort Inclusion
    • Samples with no alterations may be dropped when pulling data
  2. Data Formats & Gene Standards Often Inconsistent
    • Column names, data formats and gene names may differ between studies or even within studies!
  3. Multi-Institutional Studies Use Several Gene Panels
    • Samples may be sequenced using different panels therefore the non overlapping genes have to be annotated as missing
  4. Missing Data in Mutation Status

Process Data: Select One Sample Per Patient

  • Patients can have many NGS values
  • Setting criteria -> 1 sample
  • If multiple match the criteria, random sample taken
nsclc_samp <- select_unique_ngs(
  data_cohort = nsclc_2_ex$cohort_ngs,
  oncotree_code = "LUAD",
  sample_type = "Metastasis",
  min_max_time = "max"
)

Overview of create_gene_binary() structure

sample_id RAD50 ARID2 FANCB SETD2 POLD1 ERCC3 ERCC5 MDM4 NBN RB1 REL BRCA1 CREBBP GLI2 KRAS MAP3K1 PIK3C2B PBRM1 PTPRD NFKBIZ STK11 ARID1A KEAP1 CDKN1B GLI3 BRCA2 ERBB4 FGFR4 SF3B1 KDR NF1 NOTCH1 ATRX AXL SMARCA4 TLR4 TP53 CTNNB1 EGFR KDM6B TET2 DNMT3A FLT1 PTK2 TCF7L2 KMT2D DIS3L2 EP300 FANCD2 PTPN11 SOX9 WAS XRCC1 RSPO3 SETBP1 SDHA EPHA3 EWSR1 GSTM5 NTRK1 SQSTM1 FLCN PRKCI PTEN EPHA5 MTOR GLI1 MITF STAT3 WRN FANCC CADM2 APC MSH2 PDGFRA CTD-2267D19.2 BCORL1 PALB2 MECOM NEGR1 INSIG1 SMAD4 MET SMO CDH1 GNB2L1 EXT1 FLT3 ALK MSH6 KIT NOTCH2 NTRK3 BUB1B ZNF708 WT1 JAK2 JAK3 PMS1 ETV1 FGFR1 PRPF40B BCOR RET BRIP1 MEF2BNB-MEF2B NRAS HNF1A RECQL4 DEPDC5 CDKN1A ASXL1 DICER1 GNAS-AS1 GNAS ATM ESR1 TERT ETV4 FGFR2 CIITA RBL2 ZRSR2 CBL CSF3R DKC1 AKT1 FANCA FAT1 KAT6B DOCK8 ERBB2 SMARCB1 C9orf66 RUNX1 HOXB13 NR0B1 FAN1 MGA NFE2L2 PRKN PDGFRB NSD3 PTCH1 FANCM PTPN14 FOXL2 U2AF1 ZNF217 KAT6A CRTC1 DCLRE1C SLC25A13 NRG1 KCNQ1 SUFU TFE3 PVRL4 MBD4 MED12 POLQ ENG FLT4 BRD4 GATA3 LIG4 MRE11 TRIM37 MUTYH NOTCH3 SDHAF2 PRKDC BRAF TSC2 TSHR TET1 RBM10 SLX4 RUNX1T1 PTK2B ARHGEF12 RICTOR TMPRSS2 CARD11 PNKP JAK1 PIK3CA FANCL KDM5A ARHGAP35 USP8 ETV6 USP28 RPA1 KIF1B LMO1 MEN1 MPL SERPINA1 POLE PPP2R1A CRLF2 CALR CCND3 AKT3 SLC34A2 RIF1 PRF1 RAD21 RBBP8 ROS1 DDB2 UROD FANCG RINT1 SOS1 STAT6 NKX2-1 TP53BP1 TRAF3 CDKN1C ERBB3 MYCN UIMC1 FANCI NEIL3 ZNRF3 ACVR1 MTA1 SMC3 C1orf86 RPTOR BAP1 MYB CDKN2A H19 MCL1 PGBD3 AR RASA1 PRDM1 CDC73 CBFA2T3 CBLB KLF4 SMAD2 CHEK2 ARID1B DNASE1L1 KDM6A BRCC3 CASP8 PHOX2B STAG2 ERG UBE2T KDM5C CUX1 KMT2A NFKBIA TAL1 IKZF1 EME1 ID3 JAZF1 RSPO2 MCM8 PPM1D COL7A1 POT1 MAFB CYLD NT5C2 CIC PML BARD1 RELA MAX ABCB11 ERCC2 TLX3 IGF1R PIK3R1 PMS2 RHOT1 RHBDF2 SMARCE1 CCND2 SH2B3 ELANE MUS81 ABL1 MYC DAXX RAD54B SBDS PRSS1 EXO1 IL7R RNF43 NTRK2 TCF3 HABP2 ID4 GEN1 NEIL1 RNF8 BRE XPO1 CDH4 HELQ CDKN2B TDG TRAF7 RAD51C NSD1 KLF2 IDH2 NF2 PAXIP1 B2M CDK8 CTNNA1 IGF2 MYD88 BCL2 XPC MLH3 DIS3 MAP2K1 GATA2 EPCAM FUS ARAF ITK ERCC6 TOPBP1 CDK6 HFE BCL6 FANCE DDB1 MDM2 CEBPA FOXA1 MYBL1 DMD GPC3 PRKAR1A COP1 IKZF3 RHPN2 MAP2K4 H3-3A FBXW7 SMC1A BLM EPHA7 DDR2 CRTC2 FGFR3 MYCL CSF1R NPRL2 ALOX12B EXT2 SUZ12 PRKCZ FANCF GNAQ IDH1 NPRL3 FKBP9 GNA11 SRSF2 SLITRK6 TENT5C ERCC4 TCF7L1 CDK1 MLH1 CDK4 NEIL2 RAD51D AXIN2 SDHB GATA4 FAS PAX5 SF1 PNRC1 GATA6 BMPR1A LMO3 PRAME TSC1 BCL2L12 IL10 PAK1 GRIN2A FOXP1 MST1R SPEN H3C4 TP63 INHBA XRCC2 PREX2 PTPRT PIK3CG CDK12 H1-2 EPHB1 TOP1 TGFBR2 ERRFI1 KMT2B TEK TBX3 PDCD1 DROSHA CD276 MALT1 RAF1 NUP93 H3C6 SMYD3 DNMT1 INSR ASXL2 INPPL1 SDHC TGFBR1 STAT5B RRAGC BIRC3 RHOA PRKD1 ZFHX3 INPP4A SOX17 CYSLTR2 INPP4B C1orf147 LATS1 PLCG2 NCOA3 AXIN1 H3C12 KMT2C PIK3C3 MAP2K2 HGF PLK2 HLA-A FUBP1 SESN3 SMARCD1 AMER1 MDC1 NCOR1 EIF4A2 WWTR1 H3-4 NOTCH4 EGFL7 CD79B MAP3K13 GPS2 DOT1L EZH2 YES1 FH HRAS UPF1 RXRA PAK5 PPP4R2 LATS2 RRAS2 EIF1AX CTCF ARID5B NUF2 E2F3 CENPA RHEB TAP2 BBC3 RAD51B CSDE1 SESN1 SPOP PGR FGF3 EPAS1 ATR PARP1 IRS1 PTPRS MYOD1 SMAD3 NTHL1 GATA1 STAT5A H3C8 CUL3 IRS2 SOX2 PIK3C2G FGF4 FOXO1 EZH1 AGO2 SHQ1 RAD51 MAPK3 HLA-B PRDM14 DCUN1D1 H2BC5 TRAF2 PIM1 ANKRD11 RAD54L RPS6KA4 DNMT3B GSK3B DNAJB1 IKBKE BTK XIAP LYN EIF4E PIK3R2 VTCN1 INHA BCL2L11 NSD2 PIK3R3 ELF3 H3-5 JUN SYK FGF19 CCNE1 RAC2 SESN2 STK19 H3C7 SH2D1A NPM1 YAP1 CCND1 RECQL CDKN2C PIK3CD RTEL1 RARA AKT2 GREM1 IFNGR1 CARM1 TNFRSF14 H3C2 ACVR1B ARFRP1 AURKA CHD4 FGF6 FRS2 GABRA6 GID4 GRM3 IRF2 KEL LRP1B MAGI2 PDCD1LG2 PRSS8 RP11-435O5.4 RANBP2 SLIT2 SPTA1 TAF1 TNFAIP3 VEGFA FLT4.fus CD74.fus ROS1.fus NF1.fus SP2.fus MYH14.fus POLD1.fus ALK.fus EML4.fus KIF5B.fus RET.fus MCF2L2.fus TP63.fus CCDC6.fus PDGFRA.fus KDR.fus RAP1GDS1.fus EIF3H.fus XRCC2.fus ZFHX3.fus MBD3.fus TCF3.fus FGFR3.fus TACC3.fus EGFR.fus FBN2.fus RAD50.fus SDC4.fus FANCA.fus FBXO31.fus MSH6.fus TRIB2.fus CDH1.fus BTK.fus LOC442459.fus BCAS1.fus NCOA3.fus PKD1.fus TRAF7.fus GATA3.fus LOC100128811.fus MITF.fus UNCX.fus C1QL1.fus RPTOR.fus ERCC6.fus HIP1.fus NTRK1.fus TPM3.fus ERBB2.fus GRB7.fus MAGI2.fus ZNF233.fus CSF3R.fus NOTCH2.fus NTNG1.fus TP53.fus DNM2.fus MAP2K2.fus NFKBIA.fus CREBBP.fus MET.fus SLC34A2.fus ELF3.fus ATRX.fus C14orf176.fus LRIG3.fus SHOC2.fus SYNGR3.fus TSC2.fus PBRM1.fus KIAA0825.fus RASA1.fus LRRC24.fus RECQL4.fus MIR4458.fus NSD1.fus ZNF157.fus BRIP1.fus ETV6.fus PRH1_PRR4.fus NSDHL.fus EP300.fus MBIP.fus APC.fus CDKN2A.fus CDKN2B_AS1.fus TUSC1.fus NRG1.fus NBPF20.fus SLC3A2.fus CDKN2B.fus SEZ6L.fus BCL2L1.fus LYPD6B.fus FGFR2.fus NPM1.fus GLI3.fus IKZF3.fus ARID2.fus RUNX1.fus OCIAD1.fus SMARCB1.fus RAD51.fus RHBDF2.fus BRCC3.fus PLXNA3.fus COL7A1.fus KCNH7.fus MED12.fus RBM10.fus SMAD4.fus EBF2.fus SDHC.fus CYLD.fus BARD1.fus FUS.fus UBXN8.fus ASXL1.fus KMT2A.fus RB1.fus CARM1.fus SMARCA4.fus STK11.fus BABAM1.fus KMT2D.fus KIF1B.fus EZR.fus RNPC3.fus ESR1.fus FKBP5.fus SQSTM1.fus ABL1.fus TMEM196.fus SDHA.fus KDM5C.fus ACP2.fus DDB2.fus CTD.fus PRKDC.fus SPIDR.fus BCOR.fus KDM6B.fus WRN.fus ABCB11.Del ABL1.Del ACVR1.Del AKT1.Del AKT2.Del AKT3.Del ALOX12B.Del ANKRD11.Del APC.Del ARAF.Del ARHGAP35.Del ARHGEF12.Del ARID1A.Del ARID1B.Del ARID2.Del ARID5B.Del ATM.Del ATR.Del ATRX.Del AURKA.Del AURKB.Del AXL.Del B2M.Del BABAM1.Del BAP1.Del BARD1.Del BCL11B.Del BCL2.Del BCL2L12.Del BCL6.Del BCOR.Del BCORL1.Del BLM.Del BMPR1A.Del BRAF.Del BRCA1.Del BRCA2.Del BRCC3.Del BRD3.Del BRD4.Del BRE.Del BRIP1.Del BUB1B.Del CADM2.Del CALR.Del CASP8.Del CBFA2T3.Del CBFB.Del CBL.Del CBLB.Del CCND1.Del CCND2.Del CCND3.Del CCNE1.Del CD274.Del CD58.Del CD79B.Del CDH1.Del CDH4.Del CDK1.Del CDK2.Del CDK4.Del CDK6.Del CDK8.Del CDK9.Del CDKN1A.Del CDKN1B.Del CDKN1C.Del CDKN2A.Del CDKN2B.Del CDKN2C.Del CEBPA.Del CHEK1.Del CHEK2.Del CIC.Del CIITA.Del COL7A1.Del CREBBP.Del CRKL.Del CRLF2.Del CRTC1.Del CSF1R.Del CSF3R.Del CTCF.Del CTLA4.Del CTNNA1.Del CTNNB1.Del CUX1.Del CXCR4.Del CYLD.Del DAXX.Del DCLRE1C.Del DDB1.Del DDB2.Del DEPDC5.Del DICER1.Del DIS3.Del DIS3L2.Del DKC1.Del DMC1.Del DNMT3A.Del DOCK8.Del DOT1L.Del DUSP4.Del EED.Del EGLN1.Del ELANE.Del EME1.Del ENG.Del EP300.Del EPHA3.Del EPHA5.Del EPHA7.Del ERBB2.Del ERBB3.Del ERBB4.Del ERCC1.Del ERCC2.Del ERCC3.Del ERCC4.Del ERCC5.Del ERCC6.Del ERG.Del ESR1.Del ETV4.Del ETV5.Del ETV6.Del EWSR1.Del EXO1.Del EXT1.Del EXT2.Del EZH2.Del FAH.Del ABRAXAS1.Del TENT5C.Del FAN1.Del FANCA.Del FANCB.Del FANCC.Del FANCD2.Del FANCE.Del FANCF.Del FANCG.Del FANCI.Del FANCM.Del FAS.Del FAT1.Del FBXW7.Del FGFR1.Del FGFR2.Del FGFR3.Del FGFR4.Del FH.Del FLCN.Del FLT1.Del FLT3.Del FLT4.Del FOXL2.Del FOXO1.Del FUS.Del FYN.Del GALNT12.Del GATA2.Del GATA3.Del GATA4.Del GATA6.Del GEN1.Del GLI1.Del GLI2.Del GNA11.Del GNAQ.Del GNAS.Del GPC3.Del GREM1.Del GSTM5.Del H19.Del H3-3B.Del HABP2.Del HELQ.Del HFE.Del H3C2.Del H3C3.Del H3C4.Del H3C6.Del H3C7.Del H3C8.Del H3C10.Del H3C11.Del H3C12.Del HMBS.Del HNF1A.Del HOXB13.Del HRAS.Del ID3.Del ID4.Del IDH1.Del IDH2.Del IGF1R.Del IGF2.Del IKZF3.Del IRS2.Del ITK.Del JAK1.Del JAK2.Del JAK3.Del KAT6A.Del KAT6B.Del KCNIP1.Del KCNQ1.Del KDM5A.Del KDM5C.Del KDM6A.Del KDM6B.Del KDR.Del KEAP1.Del KIF1B.Del KIT.Del KLF2.Del KLF4.Del KLLN.Del KMT2A.Del KMT2D.Del KRAS.Del LIG4.Del LMO1.Del LMO2.Del LMO3.Del MAF.Del MAFB.Del MALT1.Del MAP2K1.Del MAP2K2.Del MAP2K4.Del MAP3K1.Del MAPK1.Del MAX.Del MBD4.Del MCL1.Del MCM8.Del MDM2.Del MECOM.Del MED12.Del MEF2B.Del MEN1.Del MET.Del MGA.Del MITF.Del MLH1.Del MLH3.Del MPL.Del MRE11.Del MTA1.Del MTAP.Del MTOR.Del MUS81.Del MUTYH.Del MYB.Del MYBL1.Del MYC.Del MYCL.Del MYCN.Del MYD88.Del NBN.Del NEGR1.Del NEIL1.Del NEIL2.Del NEIL3.Del NF1.Del NF2.Del NFE2L2.Del NFKBIE.Del NFKBIZ.Del NKX3-1.Del NOTCH1.Del NOTCH2.Del NOTCH3.Del NPM1.Del NPRL2.Del NPRL3.Del NR0B1.Del NRAS.Del NRG1.Del NSD1.Del NT5C2.Del NTRK2.Del NTRK3.Del OGG1.Del PALB2.Del PRKN.Del PAX5.Del PAXIP1.Del PBRM1.Del PDCD1LG2.Del PDGFRA.Del PDGFRB.Del PHF6.Del PHOX2B.Del PIK3CA.Del PIK3R1.Del PIM1.Del PLCG2.Del PMAIP1.Del PML.Del PMS1.Del PNKP.Del PNRC1.Del POLB.Del POLD1.Del POLE.Del POLH.Del POLQ.Del POT1.Del PPARG.Del PPM1D.Del PPP2R1A.Del PRAME.Del PRDM1.Del PRF1.Del PRKAR1A.Del PRKCI.Del PRKCZ.Del PRKDC.Del PRPF40B.Del PRPF8.Del PRSS1.Del PSMD13.Del PTCH1.Del PTEN.Del PTK2.Del PTK2B.Del PTPN11.Del PTPRD.Del QKI.Del RAD21.Del RAD50.Del RAD51.Del RAD51C.Del RAD51D.Del RAD52.Del RAD54B.Del RAF1.Del RARA.Del RASA1.Del RB1.Del RBBP8.Del RBL2.Del RBM10.Del RECQL4.Del REL.Del RELA.Del RET.Del RHBDF2.Del RHEB.Del RHOA.Del RHOH.Del RHPN2.Del RIF1.Del RINT1.Del RNF43.Del RNF8.Del ROS1.Del RPA1.Del RPL26.Del RPTOR.Del RSPO2.Del RSPO3.Del RUNX1.Del RUNX1T1.Del SBDS.Del SDHA.Del SDHAF2.Del SDHB.Del SDHD.Del SERPINA1.Del SETBP1.Del SETD2.Del SF3B1.Del SH2B3.Del SH2D1A.Del SLC25A13.Del SLC34A2.Del SLITRK6.Del SLX4.Del SMAD2.Del SMAD3.Del SMAD4.Del SMARCA4.Del SMARCB1.Del SMARCE1.Del SMC1A.Del SMC3.Del SMO.Del SOCS1.Del SOS1.Del SOX17.Del SOX2.Del SOX9.Del SPOP.Del SQSTM1.Del SRC.Del SRSF2.Del SS18.Del STAG1.Del STAG2.Del STAT3.Del STAT6.Del STK11.Del SUFU.Del SUZ12.Del SYK.Del TAL1.Del TAL2.Del TAZ.Del ELOC.Del TCF3.Del TCF7L2.Del TDG.Del TEK.Del TERC.Del TET1.Del TET2.Del TFE3.Del TGFBR2.Del TLR4.Del TLX3.Del TMEM127.Del TMPRSS2.Del TNFAIP3.Del TOPBP1.Del TP53.Del TP53BP1.Del TRAF3.Del TRAF7.Del TRIM37.Del TSC1.Del TSC2.Del TSHR.Del U2AF1.Del UIMC1.Del UROD.Del USP28.Del USP8.Del VEGFA.Del VHL.Del WAS.Del NSD2.Del NSD3.Del WRN.Del WT1.Del XPA.Del XPC.Del XPO1.Del XRCC1.Del XRCC2.Del XRCC3.Del XRCC4.Del XRCC5.Del XRCC6.Del YAP1.Del ZNF217.Del ZNF708.Del ZNRF3.Del ZRSR2.Del ABCB11.Amp ABL1.Amp ACVR1.Amp AGO2.Amp AKT1.Amp AKT2.Amp AKT3.Amp ALK.Amp ALOX12B.Amp APC.Amp AR.Amp ARAF.Amp ARFRP1.Amp ARHGAP35.Amp ARHGEF12.Amp ARID1A.Amp ARID1B.Amp ARID2.Amp ASXL1.Amp ATM.Amp ATR.Amp ATRX.Amp AURKA.Amp AURKB.Amp AXIN1.Amp AXIN2.Amp AXL.Amp B2M.Amp BABAM1.Amp BAP1.Amp BARD1.Amp BCL11B.Amp BCL2.Amp BCL2L1.Amp BCL2L12.Amp BCL2L2.Amp BCL6.Amp BCOR.Amp BCORL1.Amp BLM.Amp BMPR1A.Amp BRAF.Amp BRCA1.Amp BRCA2.Amp BRCC3.Amp BRD3.Amp BRD4.Amp BRE.Amp BRIP1.Amp BUB1B.Amp CADM2.Amp CALR.Amp CARD11.Amp CASP8.Amp CBFA2T3.Amp CBFB.Amp CBL.Amp CBLB.Amp CCND1.Amp CCND2.Amp CCND3.Amp CCNE1.Amp CD274.Amp CD58.Amp CD79B.Amp CDC73.Amp CDH1.Amp CDH4.Amp CDK1.Amp CDK12.Amp CDK2.Amp CDK4.Amp CDK5.Amp CDK6.Amp CDK8.Amp CDK9.Amp CDKN1A.Amp CDKN1B.Amp CDKN1C.Amp CDKN2A.Amp CDKN2B.Amp CDKN2C.Amp CEBPA.Amp CHEK1.Amp CHEK2.Amp CIC.Amp CIITA.Amp COL7A1.Amp CREBBP.Amp CRKL.Amp CRLF2.Amp CRTC1.Amp CRTC2.Amp CSF1R.Amp CSF3R.Amp CTCF.Amp CTLA4.Amp CTNNA1.Amp CTNNB1.Amp CUX1.Amp CXCR4.Amp CYLD.Amp DAXX.Amp DCLRE1C.Amp DDB1.Amp DDB2.Amp DDR2.Amp DEPDC5.Amp DICER1.Amp DIS3.Amp DIS3L2.Amp DKC1.Amp DMC1.Amp DNMT3A.Amp DOCK8.Amp DROSHA.Amp E2F3.Amp EED.Amp EGFR.Amp EGLN1.Amp ELANE.Amp EME1.Amp ENG.Amp EP300.Amp EPCAM.Amp EPHA3.Amp EPHA5.Amp EPHA7.Amp EPHB1.Amp ERBB2.Amp ERBB3.Amp ERBB4.Amp ERCC1.Amp ERCC2.Amp ERCC3.Amp ERCC4.Amp ERCC5.Amp ERCC6.Amp ERG.Amp ESR1.Amp ETV1.Amp ETV4.Amp ETV5.Amp ETV6.Amp EWSR1.Amp EXO1.Amp EXT1.Amp EXT2.Amp EZH2.Amp FAH.Amp ABRAXAS1.Amp TENT5C.Amp CCNQ.Amp FAN1.Amp FANCA.Amp FANCB.Amp FANCC.Amp FANCD2.Amp FANCE.Amp FANCF.Amp FANCG.Amp FANCI.Amp FANCL.Amp FANCM.Amp FAS.Amp FAT1.Amp FBXW7.Amp FGF19.Amp FGF3.Amp FGF4.Amp FGFR1.Amp FGFR2.Amp FGFR3.Amp FGFR4.Amp FH.Amp FKBP9.Amp FLCN.Amp FLT1.Amp FLT3.Amp FLT4.Amp FOXA1.Amp FOXL2.Amp FRS2.Amp FUS.Amp GATA1.Amp GATA2.Amp GATA3.Amp GATA4.Amp GATA6.Amp GBA.Amp GEN1.Amp GLI1.Amp GLI2.Amp GLI3.Amp GNAQ.Amp GNAS.Amp GPC3.Amp GPR124.Amp GREM1.Amp GRIN2A.Amp GSTM5.Amp H19.Amp H3-3A.Amp H3-3B.Amp H3-5.Amp HABP2.Amp HELQ.Amp HFE.Amp H3C2.Amp H3C3.Amp H3C14.Amp H3C13.Amp HMBS.Amp HNF1A.Amp HOXB13.Amp HRAS.Amp ID3.Amp ID4.Amp IDH1.Amp IDH2.Amp IGF1R.Amp IGF2.Amp IKBKE.Amp IKZF1.Amp IKZF3.Amp IL7R.Amp INHBA.Amp INPP4B.Amp INPPL1.Amp INSIG1.Amp IRF4.Amp ITK.Amp JAK1.Amp JAK2.Amp JAK3.Amp JAZF1.Amp JUN.Amp KAT6A.Amp KAT6B.Amp KCNIP1.Amp KCNQ1.Amp KDM5A.Amp KDM5C.Amp KDM6A.Amp KDM6B.Amp KDR.Amp KEAP1.Amp KIF1B.Amp KIT.Amp KLF2.Amp KLF4.Amp KLLN.Amp KMT2A.Amp KMT2B.Amp KMT2C.Amp KMT2D.Amp KRAS.Amp LIG4.Amp LINC00894.Amp LMO1.Amp LMO2.Amp LMO3.Amp LYN.Amp MAF.Amp MAFB.Amp MAP2K1.Amp MAP2K2.Amp MAP2K4.Amp MAP3K1.Amp MAPK1.Amp MAPK3.Amp MAX.Amp MBD4.Amp MCL1.Amp MCM8.Amp MDC1.Amp MDM2.Amp MDM4.Amp MECOM.Amp MED12.Amp MEF2B.Amp MEN1.Amp MET.Amp MGA.Amp MITF.Amp MLH1.Amp MLH3.Amp MPL.Amp MRE11.Amp MSH2.Amp MSH6.Amp MTA1.Amp MTAP.Amp MTOR.Amp MUS81.Amp MUTYH.Amp MYB.Amp MYBL1.Amp MYC.Amp MYCL.Amp MYCN.Amp MYD88.Amp NBN.Amp NCOA3.Amp NEGR1.Amp NEIL1.Amp NEIL2.Amp NEIL3.Amp NF1.Amp NF2.Amp NFE2L2.Amp NFKBIA.Amp NFKBIE.Amp NFKBIZ.Amp NKX2-1.Amp NKX3-1.Amp NOTCH1.Amp NOTCH2.Amp NOTCH3.Amp NPM1.Amp NPRL2.Amp NPRL3.Amp NRAS.Amp NRG1.Amp NSD1.Amp NT5C2.Amp NTHL1.Amp NTRK1.Amp NTRK2.Amp NTRK3.Amp NUP93.Amp OGG1.Amp PAK1.Amp PALB2.Amp PRKN.Amp PAX5.Amp PAXIP1.Amp PBRM1.Amp PDCD1LG2.Amp PDGFRA.Amp PDGFRB.Amp PHF6.Amp PHOX2B.Amp PIK3C2B.Amp PIK3C2G.Amp PIK3CA.Amp PIK3CB.Amp PIK3CG.Amp PIK3R1.Amp PIK3R2.Amp PIM1.Amp PLK2.Amp PML.Amp PMS1.Amp PMS2.Amp PNKP.Amp PNRC1.Amp POLB.Amp POLD1.Amp POLE.Amp POLH.Amp POLQ.Amp POT1.Amp PPARG.Amp PPM1D.Amp PPP2R1A.Amp PRAME.Amp PRDM1.Amp PRDM14.Amp PREX2.Amp PRF1.Amp PRKAR1A.Amp PRKCI.Amp PRKCZ.Amp PRKD1.Amp PRKDC.Amp PRPF40B.Amp PRPF8.Amp PRSS1.Amp PSMD13.Amp PTCH1.Amp PTEN.Amp PTK2.Amp PTK2B.Amp PTPN11.Amp PTPN14.Amp PTPRD.Amp PTPRT.Amp PVRL4.Amp QKI.Amp RAC1.Amp RAD21.Amp RAD50.Amp RAD51.Amp RAD51C.Amp RAD51D.Amp RAD52.Amp RAD54B.Amp RAF1.Amp RARA.Amp RASA1.Amp RB1.Amp RBBP8.Amp RBL2.Amp RBM10.Amp RECQL.Amp RECQL4.Amp REL.Amp RELA.Amp RET.Amp COP1.Amp RHBDF2.Amp RHEB.Amp RHOA.Amp RHOH.Amp RHOT1.Amp RHPN2.Amp RICTOR.Amp RIF1.Amp RINT1.Amp RIT1.Amp RNF43.Amp RNF8.Amp ROS1.Amp RPL26.Amp RPS6KB2.Amp RPTOR.Amp RSPO2.Amp RSPO3.Amp RTEL1.Amp RUNX1.Amp RUNX1T1.Amp RYBP.Amp SBDS.Amp SDHA.Amp SDHAF2.Amp SDHB.Amp SDHC.Amp SDHD.Amp SERPINA1.Amp SETBP1.Amp SETD2.Amp SF1.Amp SF3B1.Amp SH2B3.Amp SH2D1A.Amp SLC25A13.Amp SLC34A2.Amp SLITRK6.Amp SLX1A.Amp SLX1B.Amp SLX4.Amp SMAD2.Amp SMAD4.Amp SMARCB1.Amp SMARCE1.Amp SMC1A.Amp SMC3.Amp SMO.Amp SOCS1.Amp SOS1.Amp SOX17.Amp SOX2.Amp SOX9.Amp SPOP.Amp SPTA1.Amp SQSTM1.Amp SRC.Amp SRSF2.Amp SS18.Amp STAG1.Amp STAG2.Amp STAT3.Amp STAT6.Amp STK11.Amp SUFU.Amp SUZ12.Amp SYK.Amp TAL1.Amp TAL2.Amp TAZ.Amp ELOC.Amp TCF7L1.Amp TCF7L2.Amp TDG.Amp TEK.Amp TERC.Amp TERT.Amp TET1.Amp TET2.Amp TFE3.Amp TLR4.Amp TLX3.Amp TMEM127.Amp TMPRSS2.Amp TNFAIP3.Amp TOPBP1.Amp TP53.Amp TP53BP1.Amp TRAF3.Amp TRAF7.Amp TRIM37.Amp TSC1.Amp TSC2.Amp TSHR.Amp U2AF1.Amp UBE2T.Amp UIMC1.Amp UROD.Amp USP28.Amp USP8.Amp VEGFA.Amp VHL.Amp WAS.Amp NSD2.Amp NSD3.Amp WRN.Amp WT1.Amp XIAP.Amp XPA.Amp XPC.Amp XPO1.Amp XRCC1.Amp XRCC2.Amp XRCC3.Amp XRCC4.Amp XRCC5.Amp XRCC6.Amp YAP1.Amp YES1.Amp ZNF217.Amp ZNF703.Amp ZNRF3.Amp ZRSR2.Amp
GENIE-DFCI-005843-1704 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 0 NA NA 0 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 NA NA 0 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA NA 0 0 NA NA 0 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA 0 0 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 1 NA 0 1 0 1 NA 0 0 NA NA 0 0 1 NA 0 NA 0 0 1 1 0 NA 1 NA NA 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 1 NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0 NA 0 1 0 0 NA 1 0 0 0 1 1 0 1 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 1 NA NA NA NA NA 1 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 1 0 0 1 1 0 NA 1 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 NA 1 NA 1 1 0 0 1 NA NA 0 NA 0 1 0 1 0 0 0 1 1 0 NA NA NA NA NA NA 1 1 0 NA 1 0 1 1 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA 1 0 NA 0 0 0 NA 0 NA NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA 0 1 0 NA NA 0 NA NA NA 0 1 0 NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 NA 1 0 0 NA 1 1 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 1 0 NA NA NA NA 0 0 0 NA 0 NA 1 0 NA 0 NA NA NA 0 NA NA NA 1 0 NA 0 0 1 NA NA 1 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0 0 0 0 1 1 NA 0 1 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 1 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 NA 1 NA NA NA NA 1 NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 1 0 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 1 0 NA 0 0 0 0 NA NA 0 0 NA NA 0 0 NA 0 0 0 1 1 0 0 1 NA NA NA NA 1 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA 1 NA NA NA NA 1 1 NA 0 NA NA NA NA NA 1 NA NA NA 0 0 1 1 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 0 1 0 0 1 0 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 0 0 NA 1 0 0 0 0 1 0 0 NA NA 0 NA 0 0 NA NA 0 NA NA NA 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 NA 0 NA 0 0 0 1 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA 1 0 NA NA NA 0 NA NA NA NA 1 NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA 0 0 1 NA 0 0 0 0 NA NA 0 1 0 1 0 0 NA 0 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 1 NA NA NA 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 0 NA NA 0 0 1 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 1 0 0 NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 NA NA 0 NA NA NA 0 NA NA 0 0 NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 1 0 NA NA NA 1 NA NA 0 0 1 NA 0 0 1 NA 0 0 NA 0 NA 0 0 NA NA 0 NA 0 0 1 0 0 0 0 1 NA NA NA NA NA 0 0 1 1 NA 1 1 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 0 0 NA 1 NA NA 1 NA 0 NA NA 1 1 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 1 NA 0 NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 1 NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 1 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA 1 0 NA NA NA 0 0 NA 1 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0
GENIE-DFCI-004022-1313 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 NA 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 0 NA NA 0 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 NA NA 0 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA NA 0 0 NA NA 0 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA 0 0 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 NA NA 0 0 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 0 NA NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA NA 0 0 0 NA 0 NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA 0 0 NA NA 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA NA NA 1 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 NA NA 1 NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA 1 1 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA NA 1 NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 0 NA NA 1 0 1 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 NA NA 0 NA NA NA 0 NA NA 0 0 NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 0 NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA NA NA 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA 0 NA 0 NA NA 0 1 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA 0 0 NA NA NA 0 0 NA 0 0 0 1 0 0 0 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA NA 1 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0
GENIE-DFCI-000013-8840 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA 1 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 1 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 1 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 0 NA NA 0 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 0 1 NA 0 NA 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 NA NA 0 0 NA NA 0 0 0 0 NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA NA 0 0 NA NA 0 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 NA NA 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 0 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 NA NA 0 0 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA 0 NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA 0 NA 0 NA NA 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA NA 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA NA NA 0 NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 0 NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA 0 0 NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0
GENIE-DFCI-000136-6004 NA 0 NA 1 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 0 NA NA 0 1 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 0 1 NA 0 NA NA 0 0 NA NA 0 0 0 0 NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA NA 0 0 NA NA 0 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 NA NA 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 0 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 NA NA 0 0 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA 0 NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA 0 NA 0 NA NA 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 1 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 1 0 0 NA NA 0 NA 0 0 0 NA 1 NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA 0 0 1 1 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 1 0 0 NA NA NA 0 1 NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA 0 1 NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 NA 1 0 0 0 NA NA 0 1 0 0 0 0 NA 1 0 1 NA NA 0 NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA NA 0 1 0 NA NA 0 0 1 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA NA 1 0 NA NA NA NA 1 NA NA NA 0 0 NA NA NA NA 0 NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA NA 1 NA NA 0 0 0 NA 0 0 1 NA 0 0 NA 0 NA 0 0 NA NA 0 NA 0 0 1 1 0 0 0 1 NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA NA 1 0 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA 0 NA 0 NA NA 0 1 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA 0 0 0 0 NA 1 0 0 NA 0 0 0 1 NA 0 NA 0 NA NA 0 NA 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 0 NA 1 NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 NA NA 1 0 0 0 1 0 NA 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 1 0 NA NA 0 0 NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0
GENIE-DFCI-000215-8010 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 0 NA NA 0 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 0 1 NA 0 NA 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 NA NA 0 0 NA NA 0 0 0 0 NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA NA 0 0 NA NA 1 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 NA NA 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 0 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 NA NA 0 0 0 NA 0 NA 0 0 1 0 0 NA 0 NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA 0 NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA NA NA 0 1 0 NA 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA 0 NA 0 NA NA 0 NA NA NA 0 NA 1 NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA NA NA 1 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 0 1 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 1 0 NA 0 1 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 1 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 1 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 0 0 NA 1 0 0 NA NA 0 NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA NA 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 1 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA NA NA 0 NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA NA 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA NA 1 NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 0 NA NA 0 NA 0 0 0 1 0 0 0 1 NA 0 NA NA NA 0 0 0 1 NA 0 1 NA 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA 0 NA 0 NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 NA NA 0 0 1 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 1 NA 0 NA 0 NA NA 0 NA 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA 1 0 NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA 1 NA NA 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA 1 0 NA NA 0 1 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA 1 0 NA 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA 1 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 0
GENIE-DFCI-000260-11571 NA 0 NA 1 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 1 1 1 1 1 1 1 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA 0 0 NA NA 0 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 NA NA 0 0 NA NA 0 0 0 0 NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA NA 0 0 NA NA 0 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 NA NA 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA 0 0 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA 0 NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 NA NA 0 1 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 1 1 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA NA NA 0 NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA NA NA 0 1 0 NA 0 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA NA 0 NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 NA 0 NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 NA NA NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA 0 NA 0 0 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA NA 0 NA 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 NA NA 0 0 NA 0 0 0 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA NA NA 0 0 NA NA 0 NA 0 NA NA 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA NA NA NA NA 0 NA NA NA 1 0 0 0 0 NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA 0 NA NA 0 1 0 0 0 0 0 0 NA NA NA 0 0 0 1 1 NA 0 1 0 NA NA 1 0 NA 1 NA NA 0 1 1 NA 0 0 0 0 0 0 0 0 NA NA 0 NA 0 0 0 NA 1 NA NA NA 1 0 1 0 1 0 1 0 0 0 1 NA 1 NA 1 1 0 0 NA 1 1 0 1 0 0 0 1 NA 1 NA 0 NA 0 1 0 0 0 0 0 NA NA NA 1 0 NA 1 NA NA NA 1 0 1 0 1 NA NA NA 0 NA NA NA 1 1 NA NA NA NA 1 NA 0 0 0 NA 0 1 0 NA 1 0 0 1 NA NA 0 1 0 0 0 1 NA 1 1 0 NA NA 0 NA NA 1 NA 1 0 1 1 1 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 NA NA NA 1 NA NA 1 0 0 NA NA 1 0 1 1 1 0 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA 1 0 NA 0 0 0 NA NA 1 0 NA NA NA NA 0 NA NA NA 1 0 NA NA NA NA 0 NA NA 0 0 0 0 0 NA 0 NA NA NA 1 NA NA 0 0 NA 0 1 1 0 NA NA NA 0 NA 0 0 1 NA NA NA 0 NA NA 0 0 1 NA 0 1 0 NA 1 1 NA 0 NA 0 0 NA NA 0 NA 0 0 1 1 0 0 1 1 NA 0 NA NA NA 0 1 0 0 NA 0 0 NA 1 0 NA 0 1 0 0 NA NA NA NA 0 1 0 NA NA NA 0 0 1 NA 1 1 0 0 0 0 0 NA 1 NA NA 0 NA 1 NA NA 0 1 NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0 NA NA 0 0 1 0 NA 1 0 0 NA 1 1 0 1 NA 0 NA 1 NA NA 0 NA 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 NA 0 NA 1 NA NA 1 0 NA 1 0 NA 0 NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 NA NA 0 0 1 0 0 1 NA 0 1 1 0 0 NA NA NA 1 NA NA NA 0 0 1 NA 0 0 0 0 NA NA 1 0 NA NA 0 1 0 NA 0 0 0 1 0 0 0 1 NA NA NA NA 0 0 NA NA 1 1 NA 0 NA 1 NA NA NA 0 NA 0 NA NA NA NA 1 0 NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA 0 1 NA 1 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 0

Process Data: Format Data in Analysis-ready Matrix

gnomeR::create_gene_binary(
  samples = NULL,
  specify_panel = NULL,
  mutation = NULL,
  mut_type = NULL,
  cna = NULL,
  fusion = NULL,
  recode_aliases = NULL)

Process Data: Sample/Panel pitfalls

gnomeR::create_gene_binary(
  samples = nsclc_samp$cpt_genie_sample_id,
  specify_panel = NULL,
  mutation = NULL,
  mut_type = NULL,
  cna = NULL,
  fusion = NULL,
  recode_aliases = NULL)
cpt_seq_assay_id n
DFCI-ONCOPANEL-1 2
DFCI-ONCOPANEL-2 101
DFCI-ONCOPANEL-3 80
MSK-IMPACT341 5
MSK-IMPACT410 142
MSK-IMPACT468 125
VICC-01-SOLIDTUMOR 67
VICC-01-T5A 1
VICC-01-T7 24
NA 1

Process Data: Sample/Panel pitfalls

gnomeR::create_gene_binary(
  samples = nsclc_samp$cpt_genie_sample_id,
  specify_panel = nsclc_panels,
  mutation = NULL,
  mut_type = NULL,
  cna = NULL,
  fusion = NULL,
  recode_aliases = NULL)
nsclc_panels <- data.frame(
  sample_id = nsclc_samp$cpt_genie_sample_id,
  panel_id = nsclc_samp$cpt_seq_assay_id) %>% 
  mutate(panel_id = ifelse(!is.na(panel_id),
                               panel_id, "no"))

Process Data: File types

gnomeR::create_gene_binary(
  samples = nsclc_samp$cpt_genie_sample_id,
  specify_panel = nsclc_panels,
  mutation = nsclc_2$NSCLC_v2.0$mutations_extended,
  mut_type = "omit_germline",
  cna = NULL,
  fusion = NULL,
  recode_aliases = NULL)

::: {.fragement .fade_out}

gnomeR::create_gene_binary(
  samples = nsclc_samp$cpt_genie_sample_id,
  specify_panel = nsclc_panels,
  mutation = nsclc_2$NSCLC_v2.0$mutations_extended,
  mut_type = "omit_germline",
  cna = reform_cna,
  fusion = NULL,
  recode_aliases = NULL)
  • CNA file formatted as matrix
#| echo: false

positions <- c(1:3)
nsclc_2$NSCLC_v2.0$cna %>% select(positions) %>% head() %>% gt::gt()
Hugo_Symbol GENIE.DFCI.003908.234520 GENIE.DFCI.002183.6917
ABCB11 0 0
ABL1 0 0
ABL2 NA NA
ACTB NA NA
ACTG1 NA NA
ACVR1 0 0 
reform_cna <- gnomeR::pivot_cna_longer(nsclc_2$NSCLC_v2.0$cna)
hugo_symbol sample_id alteration
ABCB11 GENIE-DFCI-023715-315708 loss
ABCB11 GENIE-DFCI-024937-74849 gain
ABCB11 GENIE-DFCI-036548-88514 gain
ABCB11 GENIE-DFCI-037682-130665 gain
ABCB11 GENIE-DFCI-046105-188567 gain
ABCB11 GENIE-DFCI-039194-188655 gain
ABCB11 GENIE-DFCI-040919-203680 gain
ABCB11 GENIE-DFCI-051223-250043 gain
ABCB11 GENIE-DFCI-051192-250243 loss
ABCB11 GENIE-DFCI-077267-299210 gain
ABCB11 GENIE-DFCI-090809-315683 gain
ABCB11 GENIE-DFCI-079990-332913 gain
ABCB11 GENIE-DFCI-088313-350890 loss
ABCB11 GENIE-DFCI-099707-616843 gain
ABCB11 GENIE-DFCI-110561-617759 loss

Process Data: File types

gnomeR::create_gene_binary(
  samples = nsclc_samp$cpt_genie_sample_id,
  specify_panel = nsclc_panels,
  mutation = nsclc_2$NSCLC_v2.0$mutations_extended,
  mut_type = "omit_germline",
  cna = reform_cna,
  fusion = reform_fus,
  recode_aliases = NULL)
  • Multiple rows per fusion
Hugo_Symbol Tumor_Sample_Barcode Fusion
TP53 GENIE-MSK-P-0004827-T01-IM5 TP53-intragenic
XPO1 GENIE-MSK-P-0004827-T01-IM5 XPO1-USP34 fusion
USP34 GENIE-MSK-P-0004827-T01-IM5 XPO1-USP34 fusion
sample_id site_1_hugo_symbol site_2_hugo_symbol site_3_hugo_symbol site_4_hugo_symbol fusion
GENIE-MSK-P-0003446-T01-IM5 ALK EML4 NA NA ALK-EML4
GENIE-MSK-P-0003863-T01-IM5 FLT4 NA NA NA FLT4
GENIE-MSK-P-0004103-T01-IM5 BRAF SND1 NA NA BRAF-SND1
GENIE-MSK-P-0004336-T01-IM5 CD74 ROS1 NA NA CD74-ROS1
GENIE-MSK-P-0004827-T01-IM5 TP53 NA NA NA TP53
GENIE-MSK-P-0004827-T01-IM5 USP34 XPO1 NA NA USP34-XPO1

Process Data: Gene Aliases

test <- gnomeR::create_gene_binary(
  samples = nsclc_samp$cpt_genie_sample_id,
  specify_panel = nsclc_panels,
  mutation = nsclc_2$NSCLC_v2.0$mutations_extended,
  mut_type = "omit_germline",
  cna = reform_cna,
  fusion = reform_fus,
  recode_aliases = "no")

test_recode <- gnomeR::create_gene_binary(
  samples = nsclc_samp$cpt_genie_sample_id,
  specify_panel = nsclc_panels,
  mutation = nsclc_2$NSCLC_v2.0$mutations_extended,
  mut_type = "omit_germline",
  cna = reform_cna,
  fusion = reform_fus,
  recode_aliases = "impact")
ncol(test)

[1] 1729

ncol(test_recode)

[1] 1729

Process Data: View messages

A tibble: 5 × 10

sample_id RAD50 ARID2 FANCB SETD2 POLD1 ERCC3 ERCC5 MDM4 NBN 1 GENIE-DFCI-005843-1704 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 2 GENIE-DFCI-004022-1313 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 3 GENIE-DFCI-000013-8840 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0 4 GENIE-DFCI-000136-6004 NA 0 NA 1 NA 0 0 0 0 5 GENIE-DFCI-000215-8010 NA 0 NA 0 NA 0 0 0 0