| ca_hist_adeno_squamous | Total | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Adenocarcinoma | Carcinoma | Other histologies/mixed tumor | Small cell carcinoma | Squamous cell | Unknown | ||
| institution | |||||||
| DFCI | 399 | 91 | 7 | 3 | 73 | 126 | 699 |
| MSK | 629 | 111 | 13 | 1 | 81 | 54 | 889 |
| UHN | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 55 | 55 |
| VICC | 139 | 40 | 2 | 1 | 17 | 27 | 226 |
| Total | 1,167 | 242 | 22 | 5 | 171 | 262 | 1,869 |
| stage_dx | Total | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Stage I | Stage I-III NOS | Stage II | Stage III | Stage IV | Unknown | ||
| institution | |||||||
| DFCI | 210 | 11 | 57 | 138 | 283 | 0 | 699 |
| MSK | 276 | 1 | 95 | 157 | 358 | 2 | 889 |
| UHN | 13 | 0 | 7 | 16 | 19 | 0 | 55 |
| VICC | 20 | 0 | 19 | 49 | 137 | 1 | 226 |
| Total | 519 | 12 | 178 | 360 | 797 | 3 | 1,869 |
:::
create_gene_binary() structure| sample_id | RAD50 | ARID2 | FANCB | SETD2 | POLD1 | ERCC3 | ERCC5 | MDM4 | NBN | RB1 | REL | BRCA1 | CREBBP | GLI2 | KRAS | MAP3K1 | PIK3C2B | PBRM1 | PTPRD | NFKBIZ | STK11 | ARID1A | KEAP1 | CDKN1B | GLI3 | BRCA2 | ERBB4 | FGFR4 | SF3B1 | KDR | NF1 | NOTCH1 | ATRX | AXL | SMARCA4 | TLR4 | TP53 | CTNNB1 | EGFR | KDM6B | TET2 | DNMT3A | FLT1 | PTK2 | TCF7L2 | KMT2D | DIS3L2 | EP300 | FANCD2 | PTPN11 | SOX9 | WAS | XRCC1 | RSPO3 | SETBP1 | SDHA | EPHA3 | EWSR1 | GSTM5 | NTRK1 | SQSTM1 | FLCN | PRKCI | PTEN | EPHA5 | MTOR | GLI1 | MITF | STAT3 | WRN | FANCC | CADM2 | APC | MSH2 | PDGFRA | CTD-2267D19.2 | BCORL1 | PALB2 | MECOM | NEGR1 | INSIG1 | SMAD4 | MET | SMO | CDH1 | GNB2L1 | EXT1 | FLT3 | ALK | MSH6 | KIT | NOTCH2 | NTRK3 | BUB1B | ZNF708 | WT1 | JAK2 | JAK3 | PMS1 | ETV1 | FGFR1 | PRPF40B | BCOR | RET | BRIP1 | MEF2BNB-MEF2B | NRAS | HNF1A | RECQL4 | DEPDC5 | CDKN1A | ASXL1 | DICER1 | GNAS-AS1 | GNAS | ATM | ESR1 | TERT | ETV4 | FGFR2 | CIITA | RBL2 | ZRSR2 | CBL | CSF3R | DKC1 | AKT1 | FANCA | FAT1 | KAT6B | DOCK8 | ERBB2 | SMARCB1 | C9orf66 | RUNX1 | HOXB13 | NR0B1 | FAN1 | MGA | NFE2L2 | PRKN | PDGFRB | NSD3 | PTCH1 | FANCM | PTPN14 | FOXL2 | U2AF1 | ZNF217 | KAT6A | CRTC1 | DCLRE1C | SLC25A13 | NRG1 | KCNQ1 | SUFU | TFE3 | PVRL4 | MBD4 | MED12 | POLQ | ENG | FLT4 | BRD4 | GATA3 | LIG4 | MRE11 | TRIM37 | MUTYH | NOTCH3 | SDHAF2 | PRKDC | BRAF | TSC2 | TSHR | TET1 | RBM10 | SLX4 | RUNX1T1 | PTK2B | ARHGEF12 | RICTOR | TMPRSS2 | CARD11 | PNKP | JAK1 | PIK3CA | FANCL | KDM5A | ARHGAP35 | USP8 | ETV6 | USP28 | RPA1 | KIF1B | LMO1 | MEN1 | MPL | SERPINA1 | POLE | PPP2R1A | CRLF2 | CALR | CCND3 | AKT3 | SLC34A2 | RIF1 | PRF1 | RAD21 | RBBP8 | ROS1 | DDB2 | UROD | FANCG | RINT1 | SOS1 | STAT6 | NKX2-1 | TP53BP1 | TRAF3 | CDKN1C | ERBB3 | MYCN | UIMC1 | FANCI | NEIL3 | ZNRF3 | ACVR1 | MTA1 | SMC3 | C1orf86 | RPTOR | BAP1 | MYB | CDKN2A | H19 | MCL1 | PGBD3 | AR | RASA1 | PRDM1 | CDC73 | CBFA2T3 | CBLB | KLF4 | SMAD2 | CHEK2 | ARID1B | DNASE1L1 | KDM6A | BRCC3 | CASP8 | PHOX2B | STAG2 | ERG | UBE2T | KDM5C | CUX1 | KMT2A | NFKBIA | TAL1 | IKZF1 | EME1 | ID3 | JAZF1 | RSPO2 | MCM8 | PPM1D | COL7A1 | POT1 | MAFB | CYLD | NT5C2 | CIC | PML | BARD1 | RELA | MAX | ABCB11 | ERCC2 | TLX3 | IGF1R | PIK3R1 | PMS2 | RHOT1 | RHBDF2 | SMARCE1 | CCND2 | SH2B3 | ELANE | MUS81 | ABL1 | MYC | DAXX | RAD54B | SBDS | PRSS1 | EXO1 | IL7R | RNF43 | NTRK2 | TCF3 | HABP2 | ID4 | GEN1 | NEIL1 | RNF8 | BRE | XPO1 | CDH4 | HELQ | CDKN2B | TDG | TRAF7 | RAD51C | NSD1 | KLF2 | IDH2 | NF2 | PAXIP1 | B2M | CDK8 | CTNNA1 | IGF2 | MYD88 | BCL2 | XPC | MLH3 | DIS3 | MAP2K1 | GATA2 | EPCAM | FUS | ARAF | ITK | ERCC6 | TOPBP1 | CDK6 | HFE | BCL6 | FANCE | DDB1 | MDM2 | CEBPA | FOXA1 | MYBL1 | DMD | GPC3 | PRKAR1A | COP1 | IKZF3 | RHPN2 | MAP2K4 | H3-3A | FBXW7 | SMC1A | BLM | EPHA7 | DDR2 | CRTC2 | FGFR3 | MYCL | CSF1R | NPRL2 | ALOX12B | EXT2 | SUZ12 | PRKCZ | FANCF | GNAQ | IDH1 | NPRL3 | FKBP9 | GNA11 | SRSF2 | SLITRK6 | TENT5C | ERCC4 | TCF7L1 | CDK1 | MLH1 | CDK4 | NEIL2 | RAD51D | AXIN2 | SDHB | GATA4 | FAS | PAX5 | SF1 | PNRC1 | GATA6 | BMPR1A | LMO3 | PRAME | TSC1 | BCL2L12 | IL10 | PAK1 | GRIN2A | FOXP1 | MST1R | SPEN | H3C4 | TP63 | INHBA | XRCC2 | PREX2 | PTPRT | PIK3CG | CDK12 | H1-2 | EPHB1 | TOP1 | TGFBR2 | ERRFI1 | KMT2B | TEK | TBX3 | PDCD1 | DROSHA | CD276 | MALT1 | RAF1 | NUP93 | H3C6 | SMYD3 | DNMT1 | INSR | ASXL2 | INPPL1 | SDHC | TGFBR1 | STAT5B | RRAGC | BIRC3 | RHOA | PRKD1 | ZFHX3 | INPP4A | SOX17 | CYSLTR2 | INPP4B | C1orf147 | LATS1 | PLCG2 | NCOA3 | AXIN1 | H3C12 | KMT2C | PIK3C3 | MAP2K2 | HGF | PLK2 | HLA-A | FUBP1 | SESN3 | SMARCD1 | AMER1 | MDC1 | NCOR1 | EIF4A2 | WWTR1 | H3-4 | NOTCH4 | EGFL7 | CD79B | MAP3K13 | GPS2 | DOT1L | EZH2 | YES1 | FH | HRAS | UPF1 | RXRA | PAK5 | PPP4R2 | LATS2 | RRAS2 | EIF1AX | CTCF | ARID5B | NUF2 | E2F3 | CENPA | RHEB | TAP2 | BBC3 | RAD51B | CSDE1 | SESN1 | SPOP | PGR | FGF3 | EPAS1 | ATR | PARP1 | IRS1 | PTPRS | MYOD1 | SMAD3 | NTHL1 | GATA1 | STAT5A | H3C8 | CUL3 | IRS2 | SOX2 | PIK3C2G | FGF4 | FOXO1 | EZH1 | AGO2 | SHQ1 | RAD51 | MAPK3 | HLA-B | PRDM14 | DCUN1D1 | H2BC5 | TRAF2 | PIM1 | ANKRD11 | RAD54L | RPS6KA4 | DNMT3B | GSK3B | DNAJB1 | IKBKE | BTK | XIAP | LYN | EIF4E | PIK3R2 | VTCN1 | INHA | BCL2L11 | NSD2 | PIK3R3 | ELF3 | H3-5 | JUN | SYK | FGF19 | CCNE1 | RAC2 | SESN2 | STK19 | H3C7 | SH2D1A | NPM1 | YAP1 | CCND1 | RECQL | CDKN2C | PIK3CD | RTEL1 | RARA | AKT2 | GREM1 | IFNGR1 | CARM1 | TNFRSF14 | H3C2 | ACVR1B | ARFRP1 | AURKA | CHD4 | FGF6 | FRS2 | GABRA6 | GID4 | GRM3 | IRF2 | KEL | LRP1B | MAGI2 | PDCD1LG2 | PRSS8 | RP11-435O5.4 | RANBP2 | SLIT2 | SPTA1 | TAF1 | TNFAIP3 | VEGFA | FLT4.fus | CD74.fus | ROS1.fus | NF1.fus | SP2.fus | MYH14.fus | POLD1.fus | ALK.fus | EML4.fus | KIF5B.fus | RET.fus | MCF2L2.fus | TP63.fus | CCDC6.fus | PDGFRA.fus | KDR.fus | RAP1GDS1.fus | EIF3H.fus | XRCC2.fus | ZFHX3.fus | MBD3.fus | TCF3.fus | FGFR3.fus | TACC3.fus | EGFR.fus | FBN2.fus | RAD50.fus | SDC4.fus | FANCA.fus | FBXO31.fus | MSH6.fus | TRIB2.fus | CDH1.fus | BTK.fus | LOC442459.fus | BCAS1.fus | NCOA3.fus | PKD1.fus | TRAF7.fus | GATA3.fus | LOC100128811.fus | MITF.fus | UNCX.fus | C1QL1.fus | RPTOR.fus | ERCC6.fus | HIP1.fus | NTRK1.fus | TPM3.fus | ERBB2.fus | GRB7.fus | MAGI2.fus | ZNF233.fus | CSF3R.fus | NOTCH2.fus | NTNG1.fus | TP53.fus | DNM2.fus | MAP2K2.fus | NFKBIA.fus | CREBBP.fus | MET.fus | SLC34A2.fus | ELF3.fus | ATRX.fus | C14orf176.fus | LRIG3.fus | SHOC2.fus | SYNGR3.fus | TSC2.fus | PBRM1.fus | KIAA0825.fus | RASA1.fus | LRRC24.fus | RECQL4.fus | MIR4458.fus | NSD1.fus | ZNF157.fus | BRIP1.fus | ETV6.fus | PRH1_PRR4.fus | NSDHL.fus | EP300.fus | MBIP.fus | APC.fus | CDKN2A.fus | CDKN2B_AS1.fus | TUSC1.fus | NRG1.fus | NBPF20.fus | SLC3A2.fus | CDKN2B.fus | SEZ6L.fus | BCL2L1.fus | LYPD6B.fus | FGFR2.fus | NPM1.fus | GLI3.fus | IKZF3.fus | ARID2.fus | RUNX1.fus | OCIAD1.fus | SMARCB1.fus | RAD51.fus | RHBDF2.fus | BRCC3.fus | PLXNA3.fus | COL7A1.fus | KCNH7.fus | MED12.fus | RBM10.fus | SMAD4.fus | EBF2.fus | SDHC.fus | CYLD.fus | BARD1.fus | FUS.fus | UBXN8.fus | ASXL1.fus | KMT2A.fus | RB1.fus | CARM1.fus | SMARCA4.fus | STK11.fus | BABAM1.fus | KMT2D.fus | KIF1B.fus | EZR.fus | RNPC3.fus | ESR1.fus | FKBP5.fus | SQSTM1.fus | ABL1.fus | TMEM196.fus | SDHA.fus | KDM5C.fus | ACP2.fus | DDB2.fus | CTD.fus | PRKDC.fus | SPIDR.fus | BCOR.fus | KDM6B.fus | WRN.fus | ABCB11.Del | ABL1.Del | ACVR1.Del | AKT1.Del | AKT2.Del | AKT3.Del | ALOX12B.Del | ANKRD11.Del | APC.Del | ARAF.Del | ARHGAP35.Del | ARHGEF12.Del | ARID1A.Del | ARID1B.Del | ARID2.Del | ARID5B.Del | ATM.Del | ATR.Del | ATRX.Del | AURKA.Del | AURKB.Del | AXL.Del | B2M.Del | BABAM1.Del | BAP1.Del | BARD1.Del | BCL11B.Del | BCL2.Del | BCL2L12.Del | BCL6.Del | BCOR.Del | BCORL1.Del | BLM.Del | BMPR1A.Del | BRAF.Del | BRCA1.Del | BRCA2.Del | BRCC3.Del | BRD3.Del | BRD4.Del | BRE.Del | BRIP1.Del | BUB1B.Del | CADM2.Del | CALR.Del | CASP8.Del | CBFA2T3.Del | CBFB.Del | CBL.Del | CBLB.Del | CCND1.Del | CCND2.Del | CCND3.Del | CCNE1.Del | CD274.Del | CD58.Del | CD79B.Del | CDH1.Del | CDH4.Del | CDK1.Del | CDK2.Del | CDK4.Del | CDK6.Del | CDK8.Del | CDK9.Del | CDKN1A.Del | CDKN1B.Del | CDKN1C.Del | CDKN2A.Del | CDKN2B.Del | CDKN2C.Del | CEBPA.Del | CHEK1.Del | CHEK2.Del | CIC.Del | CIITA.Del | COL7A1.Del | CREBBP.Del | CRKL.Del | CRLF2.Del | CRTC1.Del | CSF1R.Del | CSF3R.Del | CTCF.Del | CTLA4.Del | CTNNA1.Del | CTNNB1.Del | CUX1.Del | CXCR4.Del | CYLD.Del | DAXX.Del | DCLRE1C.Del | DDB1.Del | DDB2.Del | DEPDC5.Del | DICER1.Del | DIS3.Del | DIS3L2.Del | DKC1.Del | DMC1.Del | DNMT3A.Del | DOCK8.Del | DOT1L.Del | DUSP4.Del | EED.Del | EGLN1.Del | ELANE.Del | EME1.Del | ENG.Del | EP300.Del | EPHA3.Del | EPHA5.Del | EPHA7.Del | ERBB2.Del | ERBB3.Del | ERBB4.Del | ERCC1.Del | ERCC2.Del | ERCC3.Del | ERCC4.Del | ERCC5.Del | ERCC6.Del | ERG.Del | ESR1.Del | ETV4.Del | ETV5.Del | ETV6.Del | EWSR1.Del | EXO1.Del | EXT1.Del | EXT2.Del | EZH2.Del | FAH.Del | ABRAXAS1.Del | TENT5C.Del | FAN1.Del | FANCA.Del | FANCB.Del | FANCC.Del | FANCD2.Del | FANCE.Del | FANCF.Del | FANCG.Del | FANCI.Del | FANCM.Del | FAS.Del | FAT1.Del | FBXW7.Del | FGFR1.Del | FGFR2.Del | FGFR3.Del | FGFR4.Del | FH.Del | FLCN.Del | FLT1.Del | FLT3.Del | FLT4.Del | FOXL2.Del | FOXO1.Del | FUS.Del | FYN.Del | GALNT12.Del | GATA2.Del | GATA3.Del | GATA4.Del | GATA6.Del | GEN1.Del | GLI1.Del | GLI2.Del | GNA11.Del | GNAQ.Del | GNAS.Del | GPC3.Del | GREM1.Del | GSTM5.Del | H19.Del | H3-3B.Del | HABP2.Del | HELQ.Del | HFE.Del | H3C2.Del | H3C3.Del | H3C4.Del | H3C6.Del | H3C7.Del | H3C8.Del | H3C10.Del | H3C11.Del | H3C12.Del | HMBS.Del | HNF1A.Del | HOXB13.Del | HRAS.Del | ID3.Del | ID4.Del | IDH1.Del | IDH2.Del | IGF1R.Del | IGF2.Del | IKZF3.Del | IRS2.Del | ITK.Del | JAK1.Del | JAK2.Del | JAK3.Del | KAT6A.Del | KAT6B.Del | KCNIP1.Del | KCNQ1.Del | KDM5A.Del | KDM5C.Del | KDM6A.Del | KDM6B.Del | KDR.Del | KEAP1.Del | KIF1B.Del | KIT.Del | KLF2.Del | KLF4.Del | KLLN.Del | KMT2A.Del | KMT2D.Del | KRAS.Del | LIG4.Del | LMO1.Del | LMO2.Del | LMO3.Del | MAF.Del | MAFB.Del | MALT1.Del | MAP2K1.Del | MAP2K2.Del | MAP2K4.Del | MAP3K1.Del | MAPK1.Del | MAX.Del | MBD4.Del | MCL1.Del | MCM8.Del | MDM2.Del | MECOM.Del | MED12.Del | MEF2B.Del | MEN1.Del | MET.Del | MGA.Del | MITF.Del | MLH1.Del | MLH3.Del | MPL.Del | MRE11.Del | MTA1.Del | MTAP.Del | MTOR.Del | MUS81.Del | MUTYH.Del | MYB.Del | MYBL1.Del | MYC.Del | MYCL.Del | MYCN.Del | MYD88.Del | NBN.Del | NEGR1.Del | NEIL1.Del | NEIL2.Del | NEIL3.Del | NF1.Del | NF2.Del | NFE2L2.Del | NFKBIE.Del | NFKBIZ.Del | NKX3-1.Del | NOTCH1.Del | NOTCH2.Del | NOTCH3.Del | NPM1.Del | NPRL2.Del | NPRL3.Del | NR0B1.Del | NRAS.Del | NRG1.Del | NSD1.Del | NT5C2.Del | NTRK2.Del | NTRK3.Del | OGG1.Del | PALB2.Del | PRKN.Del | PAX5.Del | PAXIP1.Del | PBRM1.Del | PDCD1LG2.Del | PDGFRA.Del | PDGFRB.Del | PHF6.Del | PHOX2B.Del | PIK3CA.Del | PIK3R1.Del | PIM1.Del | PLCG2.Del | PMAIP1.Del | PML.Del | PMS1.Del | PNKP.Del | PNRC1.Del | POLB.Del | POLD1.Del | POLE.Del | POLH.Del | POLQ.Del | POT1.Del | PPARG.Del | PPM1D.Del | PPP2R1A.Del | PRAME.Del | PRDM1.Del | PRF1.Del | PRKAR1A.Del | PRKCI.Del | PRKCZ.Del | PRKDC.Del | PRPF40B.Del | PRPF8.Del | PRSS1.Del | PSMD13.Del | PTCH1.Del | PTEN.Del | PTK2.Del | PTK2B.Del | PTPN11.Del | PTPRD.Del | QKI.Del | RAD21.Del | RAD50.Del | RAD51.Del | RAD51C.Del | RAD51D.Del | RAD52.Del | RAD54B.Del | RAF1.Del | RARA.Del | RASA1.Del | RB1.Del | RBBP8.Del | RBL2.Del | RBM10.Del | RECQL4.Del | REL.Del | RELA.Del | RET.Del | RHBDF2.Del | RHEB.Del | RHOA.Del | RHOH.Del | RHPN2.Del | RIF1.Del | RINT1.Del | RNF43.Del | RNF8.Del | ROS1.Del | RPA1.Del | RPL26.Del | RPTOR.Del | RSPO2.Del | RSPO3.Del | RUNX1.Del | RUNX1T1.Del | SBDS.Del | SDHA.Del | SDHAF2.Del | SDHB.Del | SDHD.Del | SERPINA1.Del | SETBP1.Del | SETD2.Del | SF3B1.Del | SH2B3.Del | SH2D1A.Del | SLC25A13.Del | SLC34A2.Del | SLITRK6.Del | SLX4.Del | SMAD2.Del | SMAD3.Del | SMAD4.Del | SMARCA4.Del | SMARCB1.Del | SMARCE1.Del | SMC1A.Del | SMC3.Del | SMO.Del | SOCS1.Del | SOS1.Del | SOX17.Del | SOX2.Del | SOX9.Del | SPOP.Del | SQSTM1.Del | SRC.Del | SRSF2.Del | SS18.Del | STAG1.Del | STAG2.Del | STAT3.Del | STAT6.Del | STK11.Del | SUFU.Del | SUZ12.Del | SYK.Del | TAL1.Del | TAL2.Del | TAZ.Del | ELOC.Del | TCF3.Del | TCF7L2.Del | TDG.Del | TEK.Del | TERC.Del | TET1.Del | TET2.Del | TFE3.Del | TGFBR2.Del | TLR4.Del | TLX3.Del | TMEM127.Del | TMPRSS2.Del | TNFAIP3.Del | TOPBP1.Del | TP53.Del | TP53BP1.Del | TRAF3.Del | TRAF7.Del | TRIM37.Del | TSC1.Del | TSC2.Del | TSHR.Del | U2AF1.Del | UIMC1.Del | UROD.Del | USP28.Del | USP8.Del | VEGFA.Del | VHL.Del | WAS.Del | NSD2.Del | NSD3.Del | WRN.Del | WT1.Del | XPA.Del | XPC.Del | XPO1.Del | XRCC1.Del | XRCC2.Del | XRCC3.Del | XRCC4.Del | XRCC5.Del | XRCC6.Del | YAP1.Del | ZNF217.Del | ZNF708.Del | ZNRF3.Del | ZRSR2.Del | ABCB11.Amp | ABL1.Amp | ACVR1.Amp | AGO2.Amp | AKT1.Amp | AKT2.Amp | AKT3.Amp | ALK.Amp | ALOX12B.Amp | APC.Amp | AR.Amp | ARAF.Amp | ARFRP1.Amp | ARHGAP35.Amp | ARHGEF12.Amp | ARID1A.Amp | ARID1B.Amp | ARID2.Amp | ASXL1.Amp | ATM.Amp | ATR.Amp | ATRX.Amp | AURKA.Amp | AURKB.Amp | AXIN1.Amp | AXIN2.Amp | AXL.Amp | B2M.Amp | BABAM1.Amp | BAP1.Amp | BARD1.Amp | BCL11B.Amp | BCL2.Amp | BCL2L1.Amp | BCL2L12.Amp | BCL2L2.Amp | BCL6.Amp | BCOR.Amp | BCORL1.Amp | BLM.Amp | BMPR1A.Amp | BRAF.Amp | BRCA1.Amp | BRCA2.Amp | BRCC3.Amp | BRD3.Amp | BRD4.Amp | BRE.Amp | BRIP1.Amp | BUB1B.Amp | CADM2.Amp | CALR.Amp | CARD11.Amp | CASP8.Amp | CBFA2T3.Amp | CBFB.Amp | CBL.Amp | CBLB.Amp | CCND1.Amp | CCND2.Amp | CCND3.Amp | CCNE1.Amp | CD274.Amp | CD58.Amp | CD79B.Amp | CDC73.Amp | CDH1.Amp | CDH4.Amp | CDK1.Amp | CDK12.Amp | CDK2.Amp | CDK4.Amp | CDK5.Amp | CDK6.Amp | CDK8.Amp | CDK9.Amp | CDKN1A.Amp | CDKN1B.Amp | CDKN1C.Amp | CDKN2A.Amp | CDKN2B.Amp | CDKN2C.Amp | CEBPA.Amp | CHEK1.Amp | CHEK2.Amp | CIC.Amp | CIITA.Amp | COL7A1.Amp | CREBBP.Amp | CRKL.Amp | CRLF2.Amp | CRTC1.Amp | CRTC2.Amp | CSF1R.Amp | CSF3R.Amp | CTCF.Amp | CTLA4.Amp | CTNNA1.Amp | CTNNB1.Amp | CUX1.Amp | CXCR4.Amp | CYLD.Amp | DAXX.Amp | DCLRE1C.Amp | DDB1.Amp | DDB2.Amp | DDR2.Amp | DEPDC5.Amp | DICER1.Amp | DIS3.Amp | DIS3L2.Amp | DKC1.Amp | DMC1.Amp | DNMT3A.Amp | DOCK8.Amp | DROSHA.Amp | E2F3.Amp | EED.Amp | EGFR.Amp | EGLN1.Amp | ELANE.Amp | EME1.Amp | ENG.Amp | EP300.Amp | EPCAM.Amp | EPHA3.Amp | EPHA5.Amp | EPHA7.Amp | EPHB1.Amp | ERBB2.Amp | ERBB3.Amp | ERBB4.Amp | ERCC1.Amp | ERCC2.Amp | ERCC3.Amp | ERCC4.Amp | ERCC5.Amp | ERCC6.Amp | ERG.Amp | ESR1.Amp | ETV1.Amp | ETV4.Amp | ETV5.Amp | ETV6.Amp | EWSR1.Amp | EXO1.Amp | EXT1.Amp | EXT2.Amp | EZH2.Amp | FAH.Amp | ABRAXAS1.Amp | TENT5C.Amp | CCNQ.Amp | FAN1.Amp | FANCA.Amp | FANCB.Amp | FANCC.Amp | FANCD2.Amp | FANCE.Amp | FANCF.Amp | FANCG.Amp | FANCI.Amp | FANCL.Amp | FANCM.Amp | FAS.Amp | FAT1.Amp | FBXW7.Amp | FGF19.Amp | FGF3.Amp | FGF4.Amp | FGFR1.Amp | FGFR2.Amp | FGFR3.Amp | FGFR4.Amp | FH.Amp | FKBP9.Amp | FLCN.Amp | FLT1.Amp | FLT3.Amp | FLT4.Amp | FOXA1.Amp | FOXL2.Amp | FRS2.Amp | FUS.Amp | GATA1.Amp | GATA2.Amp | GATA3.Amp | GATA4.Amp | GATA6.Amp | GBA.Amp | GEN1.Amp | GLI1.Amp | GLI2.Amp | GLI3.Amp | GNAQ.Amp | GNAS.Amp | GPC3.Amp | GPR124.Amp | GREM1.Amp | GRIN2A.Amp | GSTM5.Amp | H19.Amp | H3-3A.Amp | H3-3B.Amp | H3-5.Amp | HABP2.Amp | HELQ.Amp | HFE.Amp | H3C2.Amp | H3C3.Amp | H3C14.Amp | H3C13.Amp | HMBS.Amp | HNF1A.Amp | HOXB13.Amp | HRAS.Amp | ID3.Amp | ID4.Amp | IDH1.Amp | IDH2.Amp | IGF1R.Amp | IGF2.Amp | IKBKE.Amp | IKZF1.Amp | IKZF3.Amp | IL7R.Amp | INHBA.Amp | INPP4B.Amp | INPPL1.Amp | INSIG1.Amp | IRF4.Amp | ITK.Amp | JAK1.Amp | JAK2.Amp | JAK3.Amp | JAZF1.Amp | JUN.Amp | KAT6A.Amp | KAT6B.Amp | KCNIP1.Amp | KCNQ1.Amp | KDM5A.Amp | KDM5C.Amp | KDM6A.Amp | KDM6B.Amp | KDR.Amp | KEAP1.Amp | KIF1B.Amp | KIT.Amp | KLF2.Amp | KLF4.Amp | KLLN.Amp | KMT2A.Amp | KMT2B.Amp | KMT2C.Amp | KMT2D.Amp | KRAS.Amp | LIG4.Amp | LINC00894.Amp | LMO1.Amp | LMO2.Amp | LMO3.Amp | LYN.Amp | MAF.Amp | MAFB.Amp | MAP2K1.Amp | MAP2K2.Amp | MAP2K4.Amp | MAP3K1.Amp | MAPK1.Amp | MAPK3.Amp | MAX.Amp | MBD4.Amp | MCL1.Amp | MCM8.Amp | MDC1.Amp | MDM2.Amp | MDM4.Amp | MECOM.Amp | MED12.Amp | MEF2B.Amp | MEN1.Amp | MET.Amp | MGA.Amp | MITF.Amp | MLH1.Amp | MLH3.Amp | MPL.Amp | MRE11.Amp | MSH2.Amp | MSH6.Amp | MTA1.Amp | MTAP.Amp | MTOR.Amp | MUS81.Amp | MUTYH.Amp | MYB.Amp | MYBL1.Amp | MYC.Amp | MYCL.Amp | MYCN.Amp | MYD88.Amp | NBN.Amp | NCOA3.Amp | NEGR1.Amp | NEIL1.Amp | NEIL2.Amp | NEIL3.Amp | NF1.Amp | NF2.Amp | NFE2L2.Amp | NFKBIA.Amp | NFKBIE.Amp | NFKBIZ.Amp | NKX2-1.Amp | NKX3-1.Amp | NOTCH1.Amp | NOTCH2.Amp | NOTCH3.Amp | NPM1.Amp | NPRL2.Amp | NPRL3.Amp | NRAS.Amp | NRG1.Amp | NSD1.Amp | NT5C2.Amp | NTHL1.Amp | NTRK1.Amp | NTRK2.Amp | NTRK3.Amp | NUP93.Amp | OGG1.Amp | PAK1.Amp | PALB2.Amp | PRKN.Amp | PAX5.Amp | PAXIP1.Amp | PBRM1.Amp | PDCD1LG2.Amp | PDGFRA.Amp | PDGFRB.Amp | PHF6.Amp | PHOX2B.Amp | PIK3C2B.Amp | PIK3C2G.Amp | PIK3CA.Amp | PIK3CB.Amp | PIK3CG.Amp | PIK3R1.Amp | PIK3R2.Amp | PIM1.Amp | PLK2.Amp | PML.Amp | PMS1.Amp | PMS2.Amp | PNKP.Amp | PNRC1.Amp | POLB.Amp | POLD1.Amp | POLE.Amp | POLH.Amp | POLQ.Amp | POT1.Amp | PPARG.Amp | PPM1D.Amp | PPP2R1A.Amp | PRAME.Amp | PRDM1.Amp | PRDM14.Amp | PREX2.Amp | PRF1.Amp | PRKAR1A.Amp | PRKCI.Amp | PRKCZ.Amp | PRKD1.Amp | PRKDC.Amp | PRPF40B.Amp | PRPF8.Amp | PRSS1.Amp | PSMD13.Amp | PTCH1.Amp | PTEN.Amp | PTK2.Amp | PTK2B.Amp | PTPN11.Amp | PTPN14.Amp | PTPRD.Amp | PTPRT.Amp | PVRL4.Amp | QKI.Amp | RAC1.Amp | RAD21.Amp | RAD50.Amp | RAD51.Amp | RAD51C.Amp | RAD51D.Amp | RAD52.Amp | RAD54B.Amp | RAF1.Amp | RARA.Amp | RASA1.Amp | RB1.Amp | RBBP8.Amp | RBL2.Amp | RBM10.Amp | RECQL.Amp | RECQL4.Amp | REL.Amp | RELA.Amp | RET.Amp | COP1.Amp | RHBDF2.Amp | RHEB.Amp | RHOA.Amp | RHOH.Amp | RHOT1.Amp | RHPN2.Amp | RICTOR.Amp | RIF1.Amp | RINT1.Amp | RIT1.Amp | RNF43.Amp | RNF8.Amp | ROS1.Amp | RPL26.Amp | RPS6KB2.Amp | RPTOR.Amp | RSPO2.Amp | RSPO3.Amp | RTEL1.Amp | RUNX1.Amp | RUNX1T1.Amp | RYBP.Amp | SBDS.Amp | SDHA.Amp | SDHAF2.Amp | SDHB.Amp | SDHC.Amp | SDHD.Amp | SERPINA1.Amp | SETBP1.Amp | SETD2.Amp | SF1.Amp | SF3B1.Amp | SH2B3.Amp | SH2D1A.Amp | SLC25A13.Amp | SLC34A2.Amp | SLITRK6.Amp | SLX1A.Amp | SLX1B.Amp | SLX4.Amp | SMAD2.Amp | SMAD4.Amp | SMARCB1.Amp | SMARCE1.Amp | SMC1A.Amp | SMC3.Amp | SMO.Amp | SOCS1.Amp | SOS1.Amp | SOX17.Amp | SOX2.Amp | SOX9.Amp | SPOP.Amp | SPTA1.Amp | SQSTM1.Amp | SRC.Amp | SRSF2.Amp | SS18.Amp | STAG1.Amp | STAG2.Amp | STAT3.Amp | STAT6.Amp | STK11.Amp | SUFU.Amp | SUZ12.Amp | SYK.Amp | TAL1.Amp | TAL2.Amp | TAZ.Amp | ELOC.Amp | TCF7L1.Amp | TCF7L2.Amp | TDG.Amp | TEK.Amp | TERC.Amp | TERT.Amp | TET1.Amp | TET2.Amp | TFE3.Amp | TLR4.Amp | TLX3.Amp | TMEM127.Amp | TMPRSS2.Amp | TNFAIP3.Amp | TOPBP1.Amp | TP53.Amp | TP53BP1.Amp | TRAF3.Amp | TRAF7.Amp | TRIM37.Amp | TSC1.Amp | TSC2.Amp | TSHR.Amp | U2AF1.Amp | UBE2T.Amp | UIMC1.Amp | UROD.Amp | USP28.Amp | USP8.Amp | VEGFA.Amp | VHL.Amp | WAS.Amp | NSD2.Amp | NSD3.Amp | WRN.Amp | WT1.Amp | XIAP.Amp | XPA.Amp | XPC.Amp | XPO1.Amp | XRCC1.Amp | XRCC2.Amp | XRCC3.Amp | XRCC4.Amp | XRCC5.Amp | XRCC6.Amp | YAP1.Amp | YES1.Amp | ZNF217.Amp | ZNF703.Amp | ZNRF3.Amp | ZRSR2.Amp |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| GENIE-DFCI-005843-1704 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 1 | NA | 0 | 1 | 0 | 1 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | NA | 1 | NA | NA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 1 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | NA | 0 | 1 | 0 | 0 | NA | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | NA | 1 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 1 | NA | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | 1 | 0 | NA | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | 1 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 1 | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 1 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 1 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 1 | 0 | 0 | NA | 1 | 1 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 1 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 1 | 0 | NA | 0 | 0 | 1 | NA | NA | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | NA | 0 | 1 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 1 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 1 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | NA | NA | NA | NA | 1 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | 1 | 1 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 1 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 1 | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 1 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 1 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 1 | 0 | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 1 | 1 | NA | 1 | 1 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 1 | NA | NA | 1 | NA | 0 | NA | NA | 1 | 1 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 1 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 1 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 |
| GENIE-DFCI-004022-1313 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 1 | 1 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 1 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 1 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 |
| GENIE-DFCI-000013-8840 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 1 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 1 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 |
| GENIE-DFCI-000136-6004 | NA | 0 | NA | 1 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 1 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 1 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 1 | 1 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 1 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 1 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 1 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 1 | 0 | 1 | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 1 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 1 | 0 | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 1 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 1 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 1 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 1 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 1 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 1 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 |
| GENIE-DFCI-000215-8010 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 1 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 1 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | NA | 0 | 1 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 1 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 1 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | 1 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 1 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 1 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 1 | 0 | NA | NA | 0 | 1 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 1 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | 0 |
| GENIE-DFCI-000260-11571 | NA | 0 | NA | 1 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 1 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 1 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | NA | 0 | 1 | 0 | NA | NA | 1 | 0 | NA | 1 | NA | NA | 0 | 1 | 1 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 1 | NA | NA | NA | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | NA | 1 | NA | 1 | 1 | 0 | 0 | NA | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | NA | 1 | NA | 0 | NA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 1 | 0 | NA | 1 | NA | NA | NA | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 1 | 1 | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | 1 | 0 | NA | 1 | 0 | 0 | 1 | NA | NA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | NA | 1 | 1 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA | 1 | NA | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | 1 | 0 | 0 | NA | NA | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | 1 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 1 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 1 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | 1 | 1 | 0 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 1 | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | 1 | 0 | NA | 1 | 1 | NA | 0 | NA | 0 | 0 | NA | NA | 0 | NA | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 1 | 0 | 0 | NA | 0 | 0 | NA | 1 | 0 | NA | 0 | 1 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | 0 | 1 | 0 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 1 | NA | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | 1 | NA | NA | 0 | NA | 1 | NA | NA | 0 | 1 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 1 | 0 | NA | 1 | 0 | 0 | NA | 1 | 1 | 0 | 1 | NA | 0 | NA | 1 | NA | NA | 0 | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | 0 | NA | 1 | NA | NA | 1 | 0 | NA | 1 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | NA | 0 | 0 | 1 | NA | 0 | 0 | 0 | 0 | NA | NA | 1 | 0 | NA | NA | 0 | 1 | 0 | NA | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | NA | NA | NA | NA | 0 | 0 | NA | NA | 1 | 1 | NA | 0 | NA | 1 | NA | NA | NA | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | 1 | 0 | NA | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0 | NA | NA | NA | 0 | 1 | NA | 1 | 0 | 0 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1 | NA | NA | 0 |
| cpt_seq_assay_id | n |
|---|---|
| DFCI-ONCOPANEL-1 | 2 |
| DFCI-ONCOPANEL-2 | 101 |
| DFCI-ONCOPANEL-3 | 80 |
| MSK-IMPACT341 | 5 |
| MSK-IMPACT410 | 142 |
| MSK-IMPACT468 | 125 |
| VICC-01-SOLIDTUMOR | 67 |
| VICC-01-T5A | 1 |
| VICC-01-T7 | 24 |
| NA | 1 |
::: {.fragement .fade_out}
#| echo: false
positions <- c(1:3)
nsclc_2$NSCLC_v2.0$cna %>% select(positions) %>% head() %>% gt::gt()| Hugo_Symbol | GENIE.DFCI.003908.234520 | GENIE.DFCI.002183.6917 |
|---|---|---|
| ABCB11 | 0 | 0 |
| ABL1 | 0 | 0 |
| ABL2 | NA | NA |
| ACTB | NA | NA |
| ACTG1 | NA | NA |
| ACVR1 | 0 | 0 |
| hugo_symbol | sample_id | alteration |
|---|---|---|
| ABCB11 | GENIE-DFCI-023715-315708 | loss |
| ABCB11 | GENIE-DFCI-024937-74849 | gain |
| ABCB11 | GENIE-DFCI-036548-88514 | gain |
| ABCB11 | GENIE-DFCI-037682-130665 | gain |
| ABCB11 | GENIE-DFCI-046105-188567 | gain |
| ABCB11 | GENIE-DFCI-039194-188655 | gain |
| ABCB11 | GENIE-DFCI-040919-203680 | gain |
| ABCB11 | GENIE-DFCI-051223-250043 | gain |
| ABCB11 | GENIE-DFCI-051192-250243 | loss |
| ABCB11 | GENIE-DFCI-077267-299210 | gain |
| ABCB11 | GENIE-DFCI-090809-315683 | gain |
| ABCB11 | GENIE-DFCI-079990-332913 | gain |
| ABCB11 | GENIE-DFCI-088313-350890 | loss |
| ABCB11 | GENIE-DFCI-099707-616843 | gain |
| ABCB11 | GENIE-DFCI-110561-617759 | loss |
| Hugo_Symbol | Tumor_Sample_Barcode | Fusion |
|---|---|---|
| TP53 | GENIE-MSK-P-0004827-T01-IM5 | TP53-intragenic |
| XPO1 | GENIE-MSK-P-0004827-T01-IM5 | XPO1-USP34 fusion |
| USP34 | GENIE-MSK-P-0004827-T01-IM5 | XPO1-USP34 fusion |
| sample_id | site_1_hugo_symbol | site_2_hugo_symbol | site_3_hugo_symbol | site_4_hugo_symbol | fusion |
|---|---|---|---|---|---|
| GENIE-MSK-P-0003446-T01-IM5 | ALK | EML4 | NA | NA | ALK-EML4 |
| GENIE-MSK-P-0003863-T01-IM5 | FLT4 | NA | NA | NA | FLT4 |
| GENIE-MSK-P-0004103-T01-IM5 | BRAF | SND1 | NA | NA | BRAF-SND1 |
| GENIE-MSK-P-0004336-T01-IM5 | CD74 | ROS1 | NA | NA | CD74-ROS1 |
| GENIE-MSK-P-0004827-T01-IM5 | TP53 | NA | NA | NA | TP53 |
| GENIE-MSK-P-0004827-T01-IM5 | USP34 | XPO1 | NA | NA | USP34-XPO1 |
test <- gnomeR::create_gene_binary(
samples = nsclc_samp$cpt_genie_sample_id,
specify_panel = nsclc_panels,
mutation = nsclc_2$NSCLC_v2.0$mutations_extended,
mut_type = "omit_germline",
cna = reform_cna,
fusion = reform_fus,
recode_aliases = "no")
test_recode <- gnomeR::create_gene_binary(
samples = nsclc_samp$cpt_genie_sample_id,
specify_panel = nsclc_panels,
mutation = nsclc_2$NSCLC_v2.0$mutations_extended,
mut_type = "omit_germline",
cna = reform_cna,
fusion = reform_fus,
recode_aliases = "impact")[1] 1729
[1] 1729
sample_id RAD50 ARID2 FANCB SETD2 POLD1 ERCC3 ERCC5 MDM4 NBN